Gambaran Umum tentang Whole Exome Sequencing (WES)

Whole exome sequencing (WES) adalah proses genetik molekuler yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi pergantian gen. Metode ini relatif baru, dan dengan kemajuan teknologi yang pesat, penelitian lebih lanjut dan penemuan tujuan klinis yang lebih praktis diharapkan muncul.

Pengujian genetik menjadi sangat populer — Anda dapat membeli produk yang menggunakan sampel rambut atau air liur Anda untuk menunjukkan ciri-ciri genetik tertentu dan untuk mempelajari latar belakang etnis mana yang merupakan bagian dari nenek moyang Anda.

WES sedikit berbeda dari jenis pengujian genetik karena digunakan untuk mengidentifikasi kelainan padasemuagen Anda, bahkan jika kelainan ini sebelumnya tidak pernah dikaitkan dengan penyakit apa pun. Misalnya, ini bukan tes yang tepat untuk mencari kelainan gen tertentu, seperti gen yang diidentifikasi dalam kaitannya dengan kanker payudara.

Bagaimana Gen Bekerja

WES dapat digunakan untuk mencari pola untuk menemukan penyebab genetik suatu penyakit medis. Kromosom Anda adalah molekul yang mengandung kode genetik Anda. (Anda memiliki 23 pasang kromosom — ini juga disebut molekul DNA.) Mereka terdiri dari untaian panjang molekul nukleotida. Tubuh Anda membaca urutan nukleotida pada kromosom Anda untuk menghasilkan protein.

Perubahan urutan nukleotida dalam molekul DNA menjelaskan variasi sifat di antara kita semua.

Perubahan yang menyebabkan penyakit sering disebut sebagai mutasi.

Ini membantu untuk memahami beberapa dasar tentang genetika jika Anda berpikir untuk menggunakan WES.

Gen dan Genom

Semua ciri tubuh Anda dibentuk melalui produksi protein. Gen adalah urutan nukleotida yang mengkode protein yang pada akhirnya menghasilkan sifat-sifat Anda. Semua kode genetik dari semua 46 kromosom Anda disebut sebagai genom Anda.

Ekson

Bagian nukleotida dari molekul DNA yang mengkode gen disebut ekson. Mereka diselingi dengan intron, yang merupakan urutan nukleotida itujangan membuat kode untuk sifat-sifat. Gen tunggal dapat terdiri dari beberapa ekson yang mengkode banyak protein. Ekson hanya menyumbang 1 hingga 2 persen dari total DNA Anda.

Setiap ekson sebenarnya dimulai dengan urutan nukleotida yang mendorong produksi protein dimulai, dan diakhiri dengan urutan nukleotida yang mendorong penghentian produksi protein.

Exome

Semua ekson di seluruh rangkaian kromosom Anda disebut sebagai eksom. Pengurutan genom seluruh exome melihat seluruh exome Anda untuk mengidentifikasi kelainan yang mungkin bertanggung jawab atas suatu penyakit atau masalah kesehatan.

Batasan

WES cukup ekstensif, dan ini memeriksa semua gen di tubuh Anda. Namun, itu tidak memeriksa intron sama sekali. Dipercaya bahwa intron mungkin memiliki beberapa efek pada tubuh Anda, meskipun efek itu tidak sepenuhnya dipahami dan saat ini dianggap tidak berpengaruh seperti pengaruh ekson.

Proses

WES menggunakan sampel darah untuk menganalisis genom Anda. Setiap sel di tubuh Anda berisi salinan lengkap dari semua 46 kromosom Anda, jadi sel darah cukup untuk jenis tes ini.

Pengujian WES menggunakan teknik molekuler yang disebut hibridisasi, yang membandingkan urutan nukleotida dari sampel DNA dengan urutan DNA standar atau "normal".

WES dapat mendeteksi mutasi yang telah diketahui menyebabkan penyakit, dan WES juga dapat mendeteksi perubahan pada kode genetik yang belum pernah dikaitkan dengan suatu penyakit.

Tempat untuk Diuji

Ada banyak laboratorium yang menjalankan sekuensing exome. Jika dokter Anda ingin Anda melakukan pengurutan exome secara keseluruhan, darah Anda mungkin diambil di kantor dokter Anda dan sampelnya dapat dikirim ke laboratorium khusus untuk interpretasi.

Jika Anda mendapatkan tes tanpa perintah dokter, Anda dapat menghubungi lab khusus yang melakukan pengujian WES secara langsung dan meminta petunjuk dari mereka.

Biaya

Penting bagi Anda untuk memeriksa biaya pengujian, dan juga memeriksa apakah asuransi kesehatan Anda akan menanggung biaya pengujian. WES adalah jenis teknologi yang relatif baru dan perusahaan asuransi Anda mungkin atau mungkin tidak menanggung biayanya, tergantung pada polis mereka.

Jika Anda berencana membayar tes sendiri, biayanya dapat berkisar antara $ 400 dan $ 1.500.

Pertimbangan

Jika Anda atau anak Anda akan menjalani seluruh rangkaian genomik, Anda perlu menyadari implikasinya. Ada berbagai hal yang perlu diperhatikan sebelum menjalani WES.

Pribadi

Hasil genetik Anda dapat menjadi bagian dari rekam medis Anda, terutama jika dokter memerintahkan tes Anda dan jika asuransi kesehatan Anda yang membayarnya. Perusahaan asuransi kesehatan Anda, perusahaan yang menjalankan pengujian, dan kemungkinan vendor mereka (atau siapa pun yang meretas sistem komputer mereka) dapat mempelajari apakah Anda membawa gen untuk setiap sifat genetik yang diketahui.

Mengingat ini adalah tes genetik, ada implikasi yang dapat memengaruhi orang-orang yang terkait dengan Anda juga. Meskipun ada undang-undang untuk melindungi privasi dan peraturan Anda yang mencegah kondisi yang sudah ada sebelumnya memengaruhi perlindungan kesehatan Anda, tingkat informasi ini belum pernah terjadi sebelumnya. Mungkin ada hasil pribadi dan profesional yang tidak terduga dalam hal privasi.

Kesadaran akan Kerentanan Penyakit

Banyak yang khawatir bahwa pengujian genom akan mengungkapkan lebih banyak tentang kesehatan mereka daripada yang awalnya mereka duga. Kecuali dalam kasus yang sangat jarang — seperti penyakit Huntington — pengujian genetik tidak mengungkapkan masa depan medis seseorang.

Ini memiliki potensi untuk mengungkapkan, dalam sebagian besar kasus, bahwa seseorang memiliki peningkatan risiko untuk berbagai gangguan medis. Karena seseorang telah diuji secara menyeluruh, mungkin ada beberapa kelainan yang ditemukan. Namun, banyak yang tidak akan pernah mengarah pada penyakit atau kondisi tertentu.

Pada fase penemuan ini, sepertinya tidak ada seorang pun yang dapat membedakan apa implikasi medis yang tepat untuk masa depan seseorang, atau "kelainan" mana yang akan menyebabkan penyakit atau kondisi tertentu, misalnya.

Memutuskan Tes

Ada beberapa tes genetik serupa yang mengevaluasi kromosom Anda secara berbeda dari WES, dan ada keuntungan dan kerugian untuk setiap jenis tes yang berbeda.

Analisis Kromosom

Analisis kromosom juga dijelaskan dalam kariotipe. Tes ini dapat menganalisis semua kromosom Anda untuk melihat apakah ada perubahan, seperti salinan kromosom tambahan atau kromosom yang hilang.

Pengujian kromosom juga dapat mendeteksi perubahan substansial dalam struktur kromosom, seperti kromosom yang memanjang atau pendek.

Kariotipe dapat mengidentifikasi kondisi seperti sindrom Down, di mana terdapat salinan ekstra kromosom 21. Namun, kariotipe tidak dapat mendeteksi mutasi kecil pada sebuah gen.

Urutan Genomik Utuh

Sekuensing seluruh genom mirip dengan sekuensing exome utuh kecuali lebih ekstensif. Itu melihat seluruh genom, termasuk sekuens intron. Pengurutan seluruh genom lebih mahal daripada pengurutan seluruh exome juga.

Tes Genetik Molekuler

Juga dijelaskan sebagai pengujian genetik microarray, penelitian ini membandingkan bagian kecil DNA Anda dengan gen yang diketahui atau dengan urutan DNA yang dipilih untuk menemukan perubahan atau mutasi yang diketahui di area tertentu pada kromosom.

Tes ini berguna jika Anda memiliki gejala kondisi yang disebabkan oleh mutasi di lokasi kromosom yang diketahui, seperti gen penyakit Huntington dan beberapa gen kanker payudara.

Sebuah Kata Dari Sangat Baik

WES masih merupakan metode pengujian genetik yang relatif baru dan belum sepenuhnya jelas bagaimana cara terbaiknya diterapkan dalam penggunaan praktis.

Ada masalah serius yang perlu dipertimbangkan jika Anda atau orang yang Anda cintai menjalani tes genetik. Jika perawatan kondisi genetik yang dicurigai disesuaikan dengan cacat genetik, Anda berpotensi mendapatkan banyak keuntungan melalui tes. Meskipun tes tersebut tidak memengaruhi pengobatan Anda, hasilnya mungkin bermanfaat untuk memahami prognosis Anda dan memberi tahu anggota keluarga bahwa mereka mungkin berisiko. Pastikan untuk memikirkan dengan cermat bagaimana Anda akan bereaksi terhadap hasil normal atau abnormal dan pertimbangkan privasi Anda dengan cermat sebelum menjalani tes.